Το 1964, η Άννα Συνοδινού αποχώρησε από το Εθνικό Θέατρο, μετά από σοβαρή καλλιτεχνική διαμάχη με τον Αλέξη Μινωτή, που οδήγησε σε ρήξη της με τη διοίκηση της κρατικής σκηνής. Την ίδια χρονιά ίδρυσε το θίασο Ελληνική Σκηνή Άννα Συνοδινού και ανέθεσε στον αρχιτέκτονα Τάκη Ζενέτο τη μελέτη για την κατασκευή θεάτρου στο νταμάρι του λόφου του Λυκαβηττού. Το θέατρο Λυκαβηττού εγκαινιάστηκε το καλοκαίρι του 1965 από την Ελληνική Σκηνή, με την «Αντιγόνη» του Σοφοκλή (σκηνοθεσία του Γιώργου Σεβαστίκογλου) και τις «Εκκλησιάζουσες» του Αριστοφάνη (σκηνοθεσία του Μίνου Βολανάκη). Το φθινόπωρο του ίδιου έτους, η Συνοδινού υποδύθηκε τη Σίβυλλα στο ομότιτλο έργο του Άγγελου Σικελιανού (παραγωγή του Κρατικού Θεάτρου Βορείου Ελλάδος, σκηνοθεσία του Σωκράτη Καραντινού).
Από το καλοκαίρι του 1966 μέχρι το φθινόπωρο του 1967, η Ελληνική Σκηνή παρουσίασε την «Ελένη» του Ευριπίδη και την «Παράβαση καθήκοντος» του Σωτήρη Πατατζή (σκηνοθεσίες του Γιώργου Θεοδοσιάδη), τη «Λυσιστράτη» του Αριστοφάνη (σκηνοθεσία του Μίνου Βολανάκη), την «Ιφιγένεια εν Αυλίδι» του Ευριπίδη, τον «Πόλεμο και Ειρήνη» του Λέοντος Τολστόι στη διασκευή των Έρβιν Πισκάτορ, Άλφρεντ Νόυμαν και Γκούντραμ Πρύφερ, την «Κυρία Μόρλι» του Λουίτζι Πιραντέλλο (σκηνοθεσίες του Αλέξη Σολομού), την «Ηλέκτρα» του Σοφοκλή (σκηνοθεσία του Θάνου Κωτσόπουλου) και το «Πάσχα» του Αύγουστου Στρίντμπεργκ (σκηνοθεσία του Λυκούργου Καλλέργη).
Το καλοκαίρι του 1967, η χουντική λογοκρισία ματαίωσε την προγραμματισμένη από την Ελληνική Σκηνή παραγωγή του «Προμηθέα δεσμώτη» του Αισχύλου, και η Συνοδινού εκτοπίστηκε από το θέατρο Λυκαβηττού. Επέστρεψε στο θέατρο το 1972, και μέχρι το 1973 παρουσίασε με την Ελληνική Σκηνή την «Ηλέκτρα» του Σοφοκλή (επανάληψη της παραγωγής του 1967), τη «Μαριάννα Πινέδα» του Λόρκα (σκηνοθεσία του Γιάννη Τσιώλη), τα «Παιγνίδια» του Ζωρζ Μισέλ (σκηνοθεσία του Γιώργου Μιχαηλίδη) και την «Αντιγόνη» του Μπρεχτ (σκηνοθεσία του Αλέξη Σολομού).
Το 1975 υποδύθηκε την Ηλέκτρα του Σοφοκλή στην πρώτη συμμετοχή του Κρατικού Θεάτρου Βορείου Ελλάδος στο Φεστιβάλ Επιδαύρου (σκηνοθεσία του Μίνου Βολανάκη). Τα επόμενα χρόνια συνεργάστηκε εκ νέου με το Εθνικό Θέατρο, αλλά και με το Σύγχρονο Θέατρο Αθήνας, με το Δημοτικό Περιφερειακό Θέατρο Πάτρας, με το Κέντρο Διεθνών και Ευρωπαϊκών Ανταλλαγών Κοσμόπολις, ενώ παρουσίασε και παραγωγές της Ελληνικής Σκηνής («Η γυναίκα της Ζάκυθος» του Διονυσίου Σολωμού, «Πηνελόπη Στεφ. Δέλτα: από τη ζωή και το έργο της», «Ευμενίδες» του Αισχύλου σε δική της σκηνοθετική επιμέλεια, «Το μυστικό της κοντέσσας Βαλέραινας» σε σκηνοθεσία του Λάμπρου Τσάγκα κ.ά.).